Программа обучения в аспирантуре ИЯФ СО РАН направлена на подготовку кадров по следующим научным специальностям: приборы и методы экспериментальной физики, теоретическая физика, физика плазмы, физика атомного ядра и элементарных частиц, физика пучков заряженных частиц и ускорительная техника. Обучение в аспирантуре ИЯФ СО РАН предполагает полную занятость аспиранта научной и учебной деятельностью.
Теоретической физики, Физики плазмы, Физики ускорителей, Физики элементарных частиц, Физико-технической информатики, Радиофизики Электрофизических Установок и Ускорителей
На базе Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института ядерной физики им.Г.И.Будкера Сибирского отделения Российской академии наук действуют 3 диссертационных совета по защите докторских и кандидатских диссертаций.